ＮＰＯ法人設立登記と設立後の届出

最終確認日：2026年10月30日　／　根拠：特定非営利活動促進法（令和7年6月1日施行の改正後）第12条・第13条・第28条・第28条の2・第29条・第43条、組合等登記令第2条・別表

1　設立認証から設立登記まで

設立認証の申請書類が所轄庁に受理されると、2週間の縦覧期間の経過後2か月以内（申請から最長で約2か月半）に認証・不認証が決定されます（特定非営利活動促進法第12条第2項）。石垣市など沖縄県内に主たる事務所を置く場合、所轄庁は沖縄県知事です。
認証書が届いた日から2週間以内に、主たる事務所の所在地を管轄する法務局に設立登記を申請しなければなりません（組合等登記令第2条）。
ＮＰＯ法人は、設立の登記をすることによって成立し（同法第13条第1項）、登記を申請した日が法人の成立日になります。設立の認証があった日から6か月を過ぎても登記をしないときは、認証が取り消されることがあります（同条第3項）。
ＮＰＯ法人の設立登記に、登録免許税はかかりません。登記申請書の作成と申請の代理は、司法書士の業務です。

設立登記に必要な書類は「ＮＰＯ法人設立に必要なもの」をご覧ください。なお、平成30年10月1日から、資産の総額はＮＰＯ法人の登記事項ではなくなっています。

届出先	主な書類	必要な場合
所轄庁（沖縄県）	設立登記完了届出書、登記事項証明書（原本と写し）、設立当初の財産目録、連絡先に関するお願い	すべての法人（登記後遅滞なく。同法第13条第2項）
県税事務所	法人設立届出書（定款・登記事項証明書の写しを添付）	すべての法人
市町村（石垣市など）	法人設立届出書（定款・登記事項証明書の写しを添付）	すべての法人
税務署	収益事業開始届出書、青色申告の承認申請書、棚卸資産の評価方法の届出書、減価償却資産の償却方法の届出書など	法人税法上の収益事業を行う場合
税務署	給与支払事務所等の開設届出書	役員報酬や給与を支払う場合
税務署	消費税の届出書（課税事業者選択届出書、適格請求書発行事業者の登録申請書など）	必要に応じて
労働基準監督署	適用事業報告、労働保険保険関係成立届、概算保険料申告書など	職員を雇用した場合
ハローワーク（公共職業安定所）	雇用保険適用事業所設置届、雇用保険被保険者資格取得届など	雇用保険の対象となる職員を雇用した場合
年金事務所	健康保険・厚生年金保険新規適用届、被保険者資格取得届など	報酬を受ける役員や常勤の職員がいる場合（法人は1人でも加入が必要）

ＮＰＯ法人の法人税は、法人税法上の収益事業から生じた所得にだけ課税されます。収益事業にあたるかどうかは、ＮＰＯ法の「その他の事業」かどうかとは別に判断します。
収益事業を行わないＮＰＯ法人は、法人県民税・法人市町村民税の均等割の減免を受けられる場合があります。減免には申請が必要なため、県税事務所と市町村に確認してください。

毎事業年度初めの3か月以内に、前事業年度の事業報告書、計算書類（活動計算書・貸借対照表）、財産目録、年間役員名簿、社員のうち10人以上の名簿を作成し、事務所に備え置きます（同法第28条第1項）。これらは所轄庁にも提出しなければなりません（同法第29条）。
前事業年度の貸借対照表は、作成後遅滞なく、定款で定めた方法（官報、新聞、電子公告、法人の事務所の掲示場への掲示など）で公告しなければなりません（同法第28条の2）。
3年以上にわたって事業報告書等を提出しないと、設立の認証が取り消されることがあります（同法第43条第1項）。
役員の変更、定款の変更なども、所轄庁への届出や認証が必要です。

当事務所におまかせください
ＮＰＯ法人は、設立後も所轄庁への届出や毎年の事業報告など、継続して手続きが必要です。行政書士事務所「オフィス石垣」が、設立後の届出書類の作成や、毎年の事業報告書等の作成・提出をサポートします。